Program Doktor (S3) Manajemen Pendidikan Islam dimaksudkan dapat menghasilkan sumberdaya manusia dengan kualifikasi level 9 yang mampu mengembangkan, memecahkan masalah dan mampu mengelola, memimpin dan mengembangkan riset dalam bidang ilmu manajemen pendidikan Islam yang bermanfaat bagi kemaslahatan umat manusia dalam lingkup nasional dan internasional. Dalam konteks ini, lulusan S3 dengan kualifikasi level 9 dapat menjadi tenaga pendidik (Dosen), konsultan profesional lembaga pendidikan, peneliti bidang manajemen pendidikan Islam, dalam skala regional, nasional dan internasional.